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rdkit

  • smiles를 통해 분자구조를 표현
!pip install rdkit
> import rdkit

# 분자 구조 표현
Chem.MolFromSmiles('SMILES data')
분자구조에 인덱스 추가
> IPythonConsole.drawOptions.addAtomIndices = True

연습

# e.g.
mol = Chem.MolFromSmiles('CC1=CC(CCC1)Br')
mol

# 분자 구조에 원소 인덱스 추가
def mol_with_atom_index(mol):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetAtomMapNum(atom.GetIdx())
    return mol
mol = Chem.MolFromSmiles('CC1=CC(CCC1)Br')
mol_with_atom_index(mol)


# 분자 내의 원자 수를 반환
mol.GetNumAtoms()

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